Ich speichere meine Cover gern selbst im Ordner dazu und füge sie dann mit "Eigenes Cover" ein.
Aber Amarok lädt nicht nur trotzdem die Cover von Amazon, nein, es löscht auch noch meine Cover-Dateien! 

Ein Programm hat ohne Sicherheitsabfrage nichts an meinen Dateien zu ändern, geschweige denn sie zu löschen

Kann ich das irgendwo abdrehen oder muss ich mich von amarok trennen?

Das ist in SVN (oder dann 1.4.5) gefixt. Das war ursprünglich mal als Feature gedacht, aber viele User waren nicht wirklich zufrieden damit, drum haben wir das löschen jetzt abgeschaltet.

Danke für die schnelle Antwort.

Ich fang mit "SVN" ehrlich gesagt nichts an. Was ist das und wo bekomm ich es her?

In dem Fall solltest du einfach auf 1.4.5 warten. Dauert net mehr lange