Here is the output:

Code: Select all

ooker@ooker-Aspire-4741:~/dit$ which mdrun
ooker@ooker-Aspire-4741:~/dit$ echo $PATH
/usr/lib/lightdm/lightdm:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games
ooker@ooker-Aspire-4741:~/dit$ ps aux
USER       PID %CPU %MEM    VSZ   RSS TTY      STAT START   TIME COMMAND
root         1  0.0  0.1   4060  1916 ?        Ss   14:27   0:01 /sbin/init
root         2  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [kthreadd]
root         3  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:01 [ksoftirqd/0]
root         4  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:02 [kworker/0:0]
root         5  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [kworker/0:0H]
root         7  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [migration/0]
root         8  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [rcu_bh]
root         9  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:02 [rcu_sched]
root        10  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [watchdog/0]
root        11  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [watchdog/1]
root        12  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [migration/1]
root        13  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:01 [ksoftirqd/1]
root        15  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [kworker/1:0H]
root        16  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [khelper]
root        17  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [kdevtmpfs]
root        18  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [netns]
root        19  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [writeback]
root        20  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [kintegrityd]
root        21  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [bioset]
root        23  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [kblockd]
root        25  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [ata_sff]
root        26  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [khubd]
root        27  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [md]
root        28  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [devfreq_wq]
root        30  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [khungtaskd]
root        31  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:02 [kswapd0]
root        32  0.0  0.0      0     0 ?        SN   14:27   0:00 [ksmd]
root        33  0.0  0.0      0     0 ?        SN   14:27   0:00 [khugepaged]
root        34  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [fsnotify_mark]
root        35  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [ecryptfs-kthrea]
root        36  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [crypto]
root        48  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [kthrotld]
root        49  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [kworker/1:1]
root        72  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [deferwq]
root        73  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [charger_manager]
root        74  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:02 [kworker/1:2]
root       117  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [scsi_eh_0]
root       118  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [scsi_eh_1]
root       119  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [scsi_eh_2]
root       120  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [scsi_eh_3]
root       121  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [scsi_eh_4]
root       175  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:27   0:00 [jbd2/sda7-8]
root       176  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [ext4-rsv-conver]
root       177  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:27   0:00 [ext4-unrsv-conv]
root       309  0.0  0.0   2904   580 ?        S    14:28   0:00 upstart-udev-bridge --daemon
root       313  0.0  0.0  11932   816 ?        Ss   14:28   0:00 /lib/systemd/systemd-udevd --daemon
root       353  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:28   0:00 [cfg80211]
root       354  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:28   0:00 [irq/42-mei_me]
root       376  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:28   0:00 [kpsmoused]
root       412  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:28   0:00 [hd-audio0]
root       426  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:28   0:00 [hci0]
root       427  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:28   0:00 [hci0]
root       512  0.0  0.0   3016   488 ?        S    14:28   0:00 upstart-socket-bridge --daemon
102        751  0.0  0.1   4780  2112 ?        Ss   14:28   0:02 dbus-daemon --system --fork
syslog     753  0.0  0.0  31096   888 ?        Sl   14:28   0:00 rsyslogd -c5
root       761  0.0  0.0   2896   384 ?        S    14:28   0:00 upstart-file-bridge --daemon
root       776  0.0  0.1   7620  1872 ?        Ss   14:28   0:00 /usr/sbin/modem-manager
root       777  0.0  0.0   4864  1172 ?        Ss   14:28   0:00 /usr/sbin/bluetoothd
root       788  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:28   0:00 [krfcommd]
root       801  0.0  0.0   3968  1008 ?        Ss   14:28   0:00 /lib/systemd/systemd-logind
avahi      804  0.0  0.0   3624  1156 ?        S    14:28   0:00 avahi-daemon: running [ooker-Aspire-4741.local]
avahi      806  0.0  0.0   3492   200 ?        S    14:28   0:00 avahi-daemon: chroot helper
root       868  0.0  0.0   7932  1532 ?        Ss   14:28   0:00 /usr/sbin/cupsd -F
root       883  0.0  0.2  44544  3828 ?        Ssl  14:28   0:01 NetworkManager
root       890  0.0  0.1  36884  2560 ?        Sl   14:28   0:00 /usr/lib/policykit-1/polkitd --no-debug
root       900  0.0  0.0   8496  1548 ?        Ss   14:28   0:00 /usr/sbin/cups-browsed
root       907  0.0  0.0  23372  1476 ?        Ss   14:28   0:00 smbd -F
root       915  0.0  0.0  23888   856 ?        S    14:28   0:00 smbd -F
root       919  0.0  0.0   6816  1248 ?        Ss   14:28   0:00 /sbin/wpa_supplicant -B -P /run/sendsigs.omit.d/wpasupplicant.pid -u
root       990  0.0  0.0   4668   696 tty4     Ss+  14:28   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty4
root       995  0.0  0.0   4668   696 tty5     Ss+  14:28   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty5
root      1003  0.0  0.0   4668   696 tty2     Ss+  14:28   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty2
root      1004  0.0  0.0   4668   696 tty3     Ss+  14:28   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty3
root      1007  0.0  0.0   4668   696 tty6     Ss+  14:28   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty6
root      1068  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:28   0:00 [iprt]
root      1069  0.0  0.0   2216   464 ?        Ss   14:28   0:00 acpid -c /etc/acpi/events -s /var/run/acpid.socket
root      1089  0.0  0.0   3168   768 ?        Ss   14:28   0:00 cron
root      1094  0.0  0.0   3964   596 ?        Ss   14:28   0:00 /usr/sbin/irqbalance
root      1099  0.0  0.1  34948  2056 ?        Ssl  14:28   0:00 lightdm
root      1121  0.0  0.1  37636  3128 ?        Sl   14:28   0:00 /usr/lib/accountsservice/accounts-daemon
root      1186  0.0  0.0   4668   696 tty1     Ss+  14:28   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty1
root      1204  6.0  3.0 150320 54364 tty7     Ssl+ 14:28   3:04 /usr/bin/X -core :0 -auth /var/run/lightdm/root/:0 -nolisten tcp vt7
root      1211  0.0  0.1  17432  2128 ?        Sl   14:28   0:00 lightdm --session-child 12 15
root      1215  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:28   0:00 [kauditd]
ooker     1229  0.0  0.0   7216  1436 ?        Ss   14:28   0:00 init --user
ooker     1278  0.0  0.0   6980   232 ?        Ss   14:28   0:00 gpg-agent --daemon --sh
ooker     1283  0.0  0.0   4148     0 ?        Ss   14:28   0:00 ssh-agent
ooker     1286  0.0  0.1   6544  2580 ?        Ss   14:28   0:03 dbus-daemon --fork --session --address=unix:abstract=/tmp/dbus-7GSk3
ooker     1291  0.0  0.0   6660   864 ?        Ss   14:28   0:00 upstart-event-bridge
ooker     1294  0.0  0.0   2272   556 ?        Ss   14:28   0:00 /bin/sh /usr/bin/startkde
ooker     1301  0.0  0.0   6912   420 ?        S    14:28   0:00 upstart-file-bridge --daemon --user
ooker     1303  0.0  0.0   6664   508 ?        S    14:28   0:00 upstart-dbus-bridge --daemon --system --user --bus-name system
ooker     1305  0.0  0.0   6664   512 ?        S    14:28   0:00 upstart-dbus-bridge --daemon --session --user --bus-name session
ooker     1345  0.0  0.0   2048     0 ?        S    14:28   0:00 /usr/lib/kde4/libexec/start_kdeinit +kcminit_startup
ooker     1346  0.0  0.2 126672  5148 ?        Ss   14:28   0:00 kdeinit4: kdeinit4 Running...                 
ooker     1350  0.0  0.3 128940  5992 ?        S    14:28   0:00 kdeinit4: klauncher [kdeinit] --fd=9           
ooker     1352  0.0  1.0 384268 18540 ?        Sl   14:28   0:02 kdeinit4: kded4 [kdeinit]                     
ooker     1356  0.0  0.4  85664  8728 ?        S    14:28   0:00 /usr/bin/kglobalaccel
colord    1365  0.0  0.1  37964  2512 ?        Sl   14:28   0:00 /usr/lib/colord/colord
ooker     1370  0.0  0.5 162068 10144 ?        Sl   14:28   0:00 /usr/bin/kactivitymanagerd
root      1372  0.0  0.1  37380  2760 ?        Sl   14:28   0:00 /usr/lib/upower/upowerd
ooker     1381  0.0  0.0   2184   228 ?        S    14:28   0:00 kwrapper4 ksmserver
ooker     1386  0.0  0.5 156528  9500 ?        Sl   14:28   0:00 kdeinit4: ksmserver [kdeinit]                 
root      1427  0.0  0.0  24252  1268 ?        Sl   14:28   0:00 /usr/lib/i386-linux-gnu/systemd-shim
root      1452  0.0  0.2  53600  3776 ?        Sl   14:28   0:01 /usr/lib/udisks2/udisksd --no-debug
ooker     1549  0.0  0.4  84388  8272 ?        S    14:28   0:00 /usr/bin/kwalletd
ooker     1552  1.0  3.0 443568 54192 ?        Sl   14:28   0:32 kwin
ooker     1560  0.8  3.8 525152 68292 ?        Sl   14:28   0:26 /usr/bin/plasma-desktop
ooker     1564  3.0  0.5 233092  9064 ?        S<l  14:28   1:33 /usr/bin/pulseaudio --start --log-target=syslog
rtkit     1566  0.0  0.0  21376  1008 ?        SNl  14:28   0:00 /usr/lib/rtkit/rtkit-daemon
ooker     1774  0.0  0.2 123948  5320 ?        Sl   14:28   0:00 /usr/bin/python /usr/share/veromix/dbus-service/veromix-service-qt.p
ooker     1790  0.0  0.8 266168 15956 ?        Sl   14:28   0:01 /usr/bin/knotify4
root      1793  0.0  0.0   5536   680 ?        S    14:28   0:00 /sbin/dhclient -d -sf /usr/lib/NetworkManager/nm-dhcp-client.action
ooker     1797  0.0  0.4  84492  8800 ?        S    14:28   0:00 /usr/bin/kuiserver
ooker     1799  0.0  0.2  35148  3960 ?        Sl   14:28   0:00 /usr/lib/telepathy/mission-control-5
ooker     1801  0.0  0.1  49456  2648 ?        Sl   14:28   0:00 /usr/bin/gnome-keyring-daemon --start --foreground --components=secr
ooker     1815  0.0  0.2  63420  4132 ?        Sl   14:28   0:00 /usr/bin/akonadi_control
ooker     1817  0.0  0.6 280132 11356 ?        Sl   14:28   0:02 akonadiserver
ooker     1819  0.1  2.0 253668 37284 ?        Sl   14:28   0:05 /usr/sbin/mysqld --defaults-file=/home/ooker/.local/share/akonadi/my
ooker     1842  0.0  0.5  88808  9044 ?        S    14:28   0:00 /usr/bin/kaccess
nobody    1846  0.0  0.0   5796  1168 ?        S    14:28   0:00 /usr/sbin/dnsmasq --no-resolv --keep-in-foreground --no-hosts --bind
ooker     1937  0.0  0.2  77864  4940 ?        Sl   14:28   0:00 /usr/lib/telepathy/telepathy-gabble
ooker     1939  0.0  0.1  15016  2544 ?        S    14:28   0:00 /usr/lib/telepathy/telepathy-salut
ooker     1986  0.0  0.2  70828  5108 ?        Sl   14:28   0:00 /usr/bin/nepomukserver
root      1993  0.0  0.0  19120  1616 ?        Ss   14:28   0:00 /usr/sbin/winbindd -F
ooker     1997  0.2  0.2  41128  4024 ?        Sl   14:28   0:08 /usr/bin/ibus-daemon xdr
ooker     1999  0.0  0.8 138632 14616 ?        SNl  14:28   0:02 /usr/bin/nepomukstorage
ooker     2000  0.0  0.9 266032 17032 ?        Sl   14:28   0:01 /usr/bin/krunner
ooker     2001  0.1  0.4  86348  7908 ?        Sl   14:28   0:03 /usr/bin/workrave
ooker     2003 17.4 26.1 1840624 468460 ?      Sl   14:28   8:49 /usr/lib/firefox/firefox
ooker     2005  0.6  0.8 135372 14548 ?        Sl   14:28   0:21 /usr/bin/rescuetime
ooker     2014  0.0  0.9 126944 16520 ?        Sl   14:28   0:02 /usr/bin/yakuake
ooker     2026  0.0  0.0  29256  1688 ?        Sl   14:29   0:00 /usr/lib/gvfs/gvfsd
ooker     2036  0.0  0.1  39944  2556 ?        Sl   14:29   0:00 /usr/lib/ibus/ibus-dconf
ooker     2041  0.0  0.5 456456  9268 ?        Sl   14:29   0:02 /usr/lib/ibus/ibus-ui-gtk3
root      2059  0.0  0.0  13464  1004 ?        Ss   14:29   0:00 nmbd -D
ooker     2157  0.1  2.0 208812 37544 ?        Sl   14:42   0:02 /usr/bin/dolphin --icon system-file-manager -caption Dolphin /home/o
ooker     2187  1.5  2.2  65832 41184 ?        SNl  14:29   0:48 /usr/bin/virtuoso-t +foreground +configfile /tmp/virtuoso_dT1999.ini
root      2192  0.0  0.0  19120   900 ?        S    14:29   0:00 /usr/sbin/winbindd -F
ooker     2205  0.0  0.0   7888  1780 pts/0    Ss+  14:42   0:00 /bin/bash
ooker     2305  0.0  0.1  45440  2360 ?        Sl   14:29   0:00 /usr/lib/at-spi2-core/at-spi-bus-launcher
ooker     2309  0.0  0.0   3676  1264 ?        S    14:29   0:00 /bin/dbus-daemon --config-file=/etc/at-spi2/accessibility.conf --nof
ooker     2349  0.0  0.1  17288  2264 ?        Sl   14:29   0:00 /usr/lib/at-spi2-core/at-spi2-registryd --use-gnome-session
ooker     2354  0.0  0.0  10720  1764 ?        S    14:29   0:00 /usr/lib/i386-linux-gnu/gconf/gconfd-2
ooker     2359  0.0  0.0   8572   996 pts/2    Ss+  14:29   0:00 /bin/bash
ooker     2531  0.0  0.1  30632  2452 ?        Sl   14:29   0:01 /usr/lib/ibus/ibus-engine-simple
ooker     2534  0.0  0.1  41640  2928 ?        Sl   14:29   0:00 /usr/lib/ibus-unikey/ibus-engine-unikey --ibus
ooker     2575  0.0  0.1  24436  1800 ?        Sl   14:29   0:00 /usr/lib/dconf/dconf-service
ooker     2831  0.0  0.6 129340 11792 ?        Sl   14:29   0:02 /usr/bin/python /usr/bin/synaptiks
ooker     2834  0.0  0.6 108800 11732 ?        S    14:29   0:00 /usr/bin/korgac --icon korgac
ooker     2874  0.0  0.8 316640 14516 ?        Sl   14:29   0:00 /usr/bin/kmix
ooker     2877  0.0  0.5  96044  8984 ?        Sl   14:29   0:00 /usr/lib/kde4/libexec/polkit-kde-authentication-agent-1
ooker     2878  0.0  0.5  85128 10044 ?        S    14:29   0:00 /usr/bin/klipper
ooker     3195  0.0  0.5  94828  9244 ?        Sl   14:29   0:00 /usr/bin/akonadi_agent_launcher akonadi_akonotes_resource akonadi_ak
ooker     3232  0.0  0.6 161148 12204 ?        S    14:29   0:00 /usr/bin/akonadi_archivemail_agent --identifier akonadi_archivemail_
ooker     3235  0.0  0.7 144236 13436 ?        S    14:29   0:00 /usr/bin/akonadi_googlecalendar_resource --identifier akonadi_google
ooker     3236  0.0  0.7 135400 12752 ?        S    14:29   0:00 /usr/bin/akonadi_googlecontacts_resource --identifier akonadi_google
ooker     3237  0.0  1.0 114592 19284 ?        Sl   14:29   0:01 /usr/bin/akonadi_imap_resource --identifier akonadi_imap_resource_0
ooker     3238  0.0  0.9 122308 17840 ?        Sl   14:29   0:00 /usr/bin/akonadi_imap_resource --identifier akonadi_imap_resource_1
ooker     3239  0.0  0.5  94764  9796 ?        Sl   14:29   0:00 /usr/bin/akonadi_agent_launcher akonadi_maildir_resource akonadi_mai
ooker     3240  0.0  0.6  92896 11536 ?        S    14:29   0:00 /usr/bin/akonadi_maildispatcher_agent --identifier akonadi_maildispa
ooker     3243  0.0  0.8 161332 14868 ?        S    14:29   0:00 /usr/bin/akonadi_mailfilter_agent --identifier akonadi_mailfilter_ag
ooker     3250  0.0  0.8 117672 15856 ?        Sl   14:29   0:01 /usr/bin/akonadi_nepomuk_feeder --identifier akonadi_nepomuk_feeder
ooker     3253  0.0  0.7  97260 13460 ?        S    14:29   0:00 /usr/bin/akonadi_newmailnotifier_agent --identifier akonadi_newmailn
ooker     3254  0.0  0.6 152388 12360 ?        S    14:29   0:00 /usr/bin/akonadi_sendlater_agent --identifier akonadi_sendlater_agen
ooker     3300  0.0  0.7  87620 12972 ?        S    14:29   0:01 /usr/lib/mozilla/kmozillahelper
ooker     3570  0.5  2.3 211680 41840 ?        Rl   14:43   0:11 /usr/bin/dolphin --icon system-file-manager -caption Dolphin /data
ooker     3577  0.0  0.8 120644 14444 ?        SNl  14:29   0:01 /usr/bin/nepomukfilewatch
ooker     3578  0.0  0.8 111684 15060 ?        SNl  14:29   0:01 /usr/bin/nepomukfileindexer
ooker     3618  0.0  0.1   8084  2412 pts/7    Ss   14:43   0:00 /bin/bash
ooker     3855  6.4  4.1 432992 74484 ?        Sl   14:29   3:13 /usr/bin/clementine
ooker     4075  0.0  0.2  39020  4132 ?        S    14:29   0:00 /usr/bin/clementine-tagreader /tmp/clementine_362973449
ooker     4076  0.0  0.2  39084  4236 ?        S    14:29   0:00 /usr/bin/clementine-tagreader /tmp/clementine_1333682035
root      4113  0.0  0.0      0     0 ?        S    15:09   0:00 [kworker/u4:1]
root      4128  0.0  0.1  25604  2968 ?        Sl   14:29   0:00 /usr/lib/udisks/udisks-daemon
ooker     4131  0.0  0.2  41264  3676 ?        Sl   14:29   0:00 /usr/lib/gvfs/gvfs-udisks2-volume-monitor
root      4137  0.0  0.0   6880   700 ?        S    14:29   0:00 udisks-daemon: not polling any devices
ooker     4693  0.0  0.6  94160 11364 ?        Sl   14:30   0:00 /usr/bin/jovie
ooker     4778  0.0  0.2 115524  4440 ?        Sl   14:30   0:00 /usr/lib/i386-linux-gnu/speech-dispatcher-modules/sd_espeak /etc/spe
ooker     5152  0.0  0.0  17228  1144 ?        Sl   14:30   0:00 /usr/lib/i386-linux-gnu/speech-dispatcher-modules/sd_dummy
ooker     5162  0.0  0.0  13036   792 ?        Ssl  14:30   0:00 /usr/bin/speech-dispatcher --spawn --communication-method unix_socke
root      5762  0.0  0.0      0     0 ?        S    14:55   0:00 [kworker/u4:0]
root      9949  0.0  0.0      0     0 ?        S    15:12   0:00 [kworker/0:2]
root     12668  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:33   0:00 [kworker/u5:0]
ooker    12994  0.0  0.3  66876  6864 ?        S    14:58   0:00 /usr/lib/kde4/libexec/kio_http_cache_cleaner
ooker    14561  0.5  0.7 177496 14200 ?        Sl   14:34   0:15 /usr/lib/firefox/plugin-container /usr/lib/flashplugin-installer/lib
root     15380  0.0  0.0      0     0 ?        S<   14:59   0:00 [kworker/u5:1]
root     16293  0.0  0.0      0     0 ?        S    15:15   0:00 [kworker/1:0]
root     16496  0.0  0.0      0     0 ?        S    15:15   0:00 [kworker/u4:2]
root     23632  0.0  0.0      0     0 ?        S    15:18   0:00 [kworker/0:1]
ooker    26354  0.0  0.0   6968  1228 pts/7    R+   15:19   0:00 ps aux
ooker@ooker-Aspire-4741:~/dit$ which mdrun
ooker@ooker-Aspire-4741:~/dit$ echo $PATH
/usr/lib/lightdm/lightdm:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games

In this session I couldn't perform mdrun. However after restarting, I can use it even thought I don't type ps aux.

Okay, that is the behaviour I was expecting. In a broken instance, if you source the script which sets up the variables manually, does it then work?

I don't fully understand what you said. Did you mean to create some scripts to test? If yes, then my scripts work.

Some more information: after booting, sometimes it works, sometimes doesn't. In the not working case, if you reopen Dolphin, it will work again.

Oops - i'll rephrase. When you get a instance of Konsole which has failed to load your script, does sourcing the script set everything up correctly?

Yes. In the breaking case, use source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC will make it work again.

Please post the contents of your ~/.bashrc file.
If the file is being sourced from ~/.bashrc, and you've placed the echo statement in ~/.bashrc, I can't see why this isn't working.

Here you go:

Code: Select all

# ~/.bashrc: executed by bash(1) for non-login shells.
# see /usr/share/doc/bash/examples/startup-files (in the package bash-doc)
# for examples

# If not running interactively, don't do anything
case $- in
    *i*) ;;
      *) return;;
esac

# don't put duplicate lines or lines starting with space in the history.
# See bash(1) for more options
HISTCONTROL=ignoreboth

# append to the history file, don't overwrite it
shopt -s histappend

# for setting history length see HISTSIZE and HISTFILESIZE in bash(1)
HISTSIZE=1000
HISTFILESIZE=2000

# check the window size after each command and, if necessary,
# update the values of LINES and COLUMNS.
shopt -s checkwinsize

# If set, the pattern "**" used in a pathname expansion context will
# match all files and zero or more directories and subdirectories.
#shopt -s globstar

# make less more friendly for non-text input files, see lesspipe(1)
[ -x /usr/bin/lesspipe ] && eval "$(SHELL=/bin/sh lesspipe)"

# set variable identifying the chroot you work in (used in the prompt below)
if [ -z "${debian_chroot:-}" ] && [ -r /etc/debian_chroot ]; then
    debian_chroot=$(cat /etc/debian_chroot)
fi

# set a fancy prompt (non-color, unless we know we "want" color)
case "$TERM" in
    xterm-color) color_prompt=yes;;
esac

# uncomment for a colored prompt, if the terminal has the capability; turned
# off by default to not distract the user: the focus in a terminal window
# should be on the output of commands, not on the prompt
#force_color_prompt=yes

if [ -n "$force_color_prompt" ]; then
    if [ -x /usr/bin/tput ] && tput setaf 1 >&/dev/null; then
   # We have color support; assume it's compliant with Ecma-48
   # (ISO/IEC-6429). (Lack of such support is extremely rare, and such
   # a case would tend to support setf rather than setaf.)
   color_prompt=yes
    else
   color_prompt=
    fi
fi

if [ "$color_prompt" = yes ]; then
    PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}\[\033[01;32m\]\u@\h\[\033[00m\]:\[\033[01;34m\]\w\[\033[00m\]\$ '
else
    PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h:\w\$ '
fi
unset color_prompt force_color_prompt

# If this is an xterm set the title to user@host:dir
case "$TERM" in
xterm*|rxvt*)
    PS1="\[\e]0;${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h: \w\a\]$PS1"
    ;;
*)
    ;;
esac

# enable color support of ls and also add handy aliases
if [ -x /usr/bin/dircolors ]; then
    test -r ~/.dircolors && eval "$(dircolors -b ~/.dircolors)" || eval "$(dircolors -b)"
    alias ls='ls --color=auto'
    #alias dir='dir --color=auto'
    #alias vdir='vdir --color=auto'

    alias grep='grep --color=auto'
    alias fgrep='fgrep --color=auto'
    alias egrep='egrep --color=auto'
fi

# some more ls aliases
alias ll='ls -alF'
alias la='ls -A'
alias l='ls -CF'

# Add an "alert" alias for long running commands.  Use like so:
#   sleep 10; alert
alias alert='notify-send --urgency=low -i "$([ $? = 0 ] && echo terminal || echo error)" "$(history|tail -n1|sed -e '\''s/^\s*[0-9]\+\s*//;s/[;&|]\s*alert$//'\'')"'

# Alias definitions.
# You may want to put all your additions into a separate file like
# ~/.bash_aliases, instead of adding them here directly.
# See /usr/share/doc/bash-doc/examples in the bash-doc package.

if [ -f ~/.bash_aliases ]; then
    . ~/.bash_aliases
fi

# enable programmable completion features (you don't need to enable
# this, if it's already enabled in /etc/bash.bashrc and /etc/profile
# sources /etc/bash.bashrc).
if ! shopt -oq posix; then
  if [ -f /usr/share/bash-completion/bash_completion ]; then
    . /usr/share/bash-completion/bash_completion
  elif [ -f /etc/bash_completion ]; then
    . /etc/bash_completion
  fi
fi
#source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
#alias bio='cd /data/Research/Physics/Biophysics'

export GTK_IM_MODULE=ibus
export XMODIFIERS=@im=ibus
export QT_IM_MODULE=ibus
export QT4_IM_MODULE=ibus

export PATH=/usr/local/gromacs/bin/:$PATH
echo "test"

I'm not sure if helpful, but I noticed today that dolphin was showing a strange prompt today. I can't exactly remember, but something like

Code: Select all

[ hostname : $CWD ]


Anyway, it was totally different to what I normally use. I tried sourcing my .bashrc, and the prompt was fixed. What was odd was that it was fixed permanently, even if I quit and restart dolphin, or even restart my computer. I tried modifying .bashrc again, and these changes also propagated to the dolphin terminal (suggesting that it wasn't just cached).

@SparHawk: Have you changed anything recently on bashrc? Maybe you should also post your bashrc so that Cooksley can help you.

ooker wrote:@SparHawk: Have you changed anything recently on bashrc? Maybe you should also post your bashrc so that Cooksley can help you.

I'm always fiddling with my bashrc.

But I haven't done anything major. Anyway, as I said, Dolphin appears to be permanently fixed for me after a single sourcing of the bashrc, so I don't have any problems any more. I was just chiming in for another data point.

Oh, this is random, but I just did a `sudo -i`, and I noticed that my default prompt is `[user@hostname path]#`. So perhaps I was logged in as root in Dolphin. That is very very strange, as I would never run Dolphin as root, nor would I Dolphin's terminals as root (I generally use terminator for anythin semi-involved).

It's a long shot, but I wonder if you are logged in as root, somehow, or at least sourcing root's profile? To check the former, you can try typing in `whoami`, although I'm not sure how to check the latter.

==EDIT==

Actually, I just realised that this is the default PS1 for new accounts. So it's probably nothing to do with root. Still, it probably *was* a similar problem to yours, in that .bashrc wasn't being sourced.

Please comment the following lines:

Code: Select all

case $- in
    *i*) ;;
      *) return;;
esac

Also, try adding a "echo $PATH" statement into the ~/.bashrc file as well (at the end).

Who did you talk to? Me or SparHawk? By saying "comment" did you mean add it as comment to bashrc? I have wrote them to Konsole, it seems that the problem is solved. I will report you later if anything goes wrong. Thank you.

By comment I meant editing ~/.bashrc and prefixing those lines with "#" - which will disable them.

It comes back again. Nonetheless, I have found a temporary solution for this. Just close Dolphin and start it again. The error only occurs in the first open of Dolphin. After that, even you restart the computer, the bashrc still keeps working well. I just don't now how and when the error comes back.

The echo $PATH is:

Code: Select all

/usr/local/gromacs/bin/:/usr/lib/lightdm/lightdm:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games